Была выбрана структура 1bna(B-form). Атомы N1, C6, O6, C5, N7 обращены в сторону большой бороздки, а C2, N2, N3, C4, N9, C8 в сторону малой.
| A-form | B-form | Z-form | |
| Тип спирали | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали | 28.02 | 33.6 | 43.5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 15.74 (от тимина) | 17.32 (от гуанина) | 17.21 (от цитозина) |
| Ширина малой бороздки | 11.52 (от цитозина) | 9.99 (от цитозина) | 8.19 (от гуанина) |
Ниже представлена таблица торсионных углов Strand I
| . | base | alpha | beta | gamma | delta | epsilon | zeta | chi |
| 1 | G | --- | --- | 65.3 | 85.4 | -147.1 | -75.8 | 178.8 |
| 2 | G | -77.3 | -174.1 | 57.4 | 83.3 | -148.8 | -84.7 | -167.5 |
| 3 | G | -66.7 | 175.0 | 50.9 | 81.3 | -138.0 | -81.6 | -160.8 |
| 4 | C | -53.9 | 159.8 | 46.5 | 77.9 | -151.9 | -71.3 | -152.9 |
| 5 | U | -50.3 | 170.2 | 53.9 | 81.9 | -157.4 | -80.6 | -163.5 |
| 6 | U | -74.3 | -177.7 | 60.3 | 82.8 | -153.2 | -85.0 | -162.5 |
| 7 | G | -56.7 | 161.7 | 69.8 | 113.6 | -71.3 | -85.1 | -154.5 |
| 8 | G | 33.0 | -172.5 | 44.5 | 81.6 | -149.9 | -66.4 | 179.0 |
| 9 | G | -64.9 | -177.9 | 53.3 | 83.0 | -145.9 | -76.4 | -172.9 |
| 10 | U | -59.7 | 173.5 | 49.0 | 80.9 | -153.1 | -72.7 | -162.6 |
| 11 | G | -45.1 | 166.8 | 45.2 | 82.3 | -171.7 | -70.1 | -157.0 |
| 12 | G | 152.4 | -163.7 | -179.4 | 85.6 | -145.1 | -65.6 | 179.6 |
| 13 | U | -70.2 | -174.7 | 45.3 | 82.8 | -131.6 | -63.3 | -161.4 |
| 14 | U | -69.2 | 170.7 | 52.6 | 81.7 | -136.5 | -79.2 | -152.0 |
| 15 | U | -82.9 | 126.2 | 56.5 | 114.1 | -68.4 | 97.1 | -150.8 |
| 16 | A | -102.9 | 109.6 | 144.5 | 82.7 | -132.9 | -60.5 | 176.4 |
| 17 | G | -58.0 | 179.6 | 42.7 | 79.9 | -159.1 | -71.9 | -177.7 |
| 18 | G | -66.7 | -175.0 | 55.5 | 82.5 | -149.0 | -72.3 | -174.4 |
| 19 | G | -58.2 | 173.5 | 53.9 | 82.0 | -146.9 | -85.4 | -168.8 |
| 20 | U | -59.6 | 159.2 | 62.3 | 83.9 | -154.7 | -61.9 | -166.5 |
| 21 | G | -66.9 | 176.4 | 56.5 | 84.2 | -165.7 | -81.7 | -159.8 |
| 22 | A | -47.4 | 171.9 | 46.3 | 83.9 | -166.0 | -58.2 | -145.1 |
| 23 | G | -155.8 | 159.2 | 49.8 | 87.2 | -137.0 | -77.1 | 170.7 |
| 24 | C | -65.5 | -179.9 | 47.2 | 81.6 | -146.5 | -79.0 | -166.4 |
| 25 | U | -57.4 | 172.5 | 47.9 | 84.0 | -158.9 | -69.2 | -153.7 |
| 26 | C | 144.4 | -158.8 | -171.4 | 91.3 | -142.0 | -82.1 | -173.4 |
| 27 | A | 32.7 | -161.7 | -66.5 | 92.6 | -162.9 | -59.0 | -160.6 |
| 28 | G | 160.0 | -151.0 | 161.6 | 88.1 | -127.4 | 152.8 | -178.2 |
| 29 | G | 167.3 | 118.5 | -176.0 | 82.9 | -96.9 | -90.7 | -38.9 |
| 30 | G | -163.5 | -135.6 | 56.9 | 94.1 | 51.2 | 168.8 | -89.9 |
Можно заметить, что наиболее похожи торсионные углы нуклеотидов второй цепи РНК и ДНК А-формы.
| alpha< | beta | gamma | delta | epsilon | zeta | chi | |
| 1 Strand RNA | -33,91 | 24,89 | 32,74 | 85,97 | -135,49 | -52,94 | -99,58 |
| 2 Strand RNA | -32,83 | 53,01 | 46,67 | 84,92 | -127,92 | -51,33 | -147,08 |
| A-DNA | -51,7 | 174,8 | 41,7 | 79,1 | -147,8 | -75,1 | -157,2 |
| B-DNA | -29,9 | 136,3 | 31,1 | 143,3 | -140,8 | -160,5 | -98 |
| Z-DNA | -139,5 | 21,15 | -61,5 | 116,25 | -103,6 | -64,8 | -47,8 |
Во вторичной структуре тРНК наблюдаем несколько стеблей: 1) стебель образованный нуклеотидами 27-31 и 43-39. 2) стебель между нуклеотидами 10-13 и 25-22. 3) стебель образован нуклеотидами 49-53 и 65-61. Четвёртый - 1-7 и 66-72. Таким образом, координаты стеблей можно записать в виде отрезков [1,7], [10,13], [22,25], [27,31], [39,45], [49,53], [61,65], [66,72]. В качестве дополнительных водородных связей, стабилизирующих структуру можно выделить связь между 56 цитозином и 19 гуанином, цитозином 48 и гуанином 15, а также неканонические взаимодействия гуанина 18 и урацила 55, аденина 57 и цитозина 56.